Communautés d'agglomération
| Nom | Population 2007 | Nombre de communes | |
| Communauté d'agglomération du Grand Besançon | 176 627 | 59 | Détail |
| Communauté d'agglomération du Pays de Montbéliard | 117 406 | 29 | Détail |
Communautés de communes
| Nom | Population 2007 | Nombre de communes | |
| Communauté de communes du Larmont | 26 887 | 10 | Détail |
| Communauté de communes du Canton de Morteau | 18 524 | 8 | Détail |
| Communauté de communes du Pays de Pierrefontaine - Vercel | 18 503 | 44 | Détail |
| Communauté de communes du Pays de Maîche | 12 474 | 19 | Détail |
| Communauté de communes du Pays d'Ornans | 10 907 | 24 | Détail |
| Communauté de communes du Mont d'Or et des Deux Lacs | 10 184 | 19 | Détail |
| Communauté de communes du Val Saint-Vitois | 9 702 | 16 | Détail |
| Communauté de communes du Pays Baumois | 8 808 | 25 | Détail |
| Communauté de communes du Canton de Quingey | 8 686 | 34 | Détail |
| Communauté de communes des Trois Cantons | 7 515 | 10 | Détail |
| Communauté de communes des Isles du Doubs | 7 288 | 21 | Détail |
| Communauté de communes de Vaîte - Aigremont | 6 815 | 21 | Détail |
| Communauté de communes du Canton de Montbenoît | 6 471 | 16 | Détail |
| Communauté de communes Val de Dame Blanche | 6 465 | 12 | Détail |
| Communauté de communes de la Vallée du Rupt | 6 262 | 14 | Détail |
| Communauté de communes des Balcons du Lomont | 5 906 | 12 | Détail |
| Communauté de communes Altitude 800 | 5 531 | 11 | Détail |
| Communauté de communes du Plateau de Russey | 5 507 | 17 | Détail |
| Communauté de communes du Plateau de Frasne et du Val de Drugeon | 5 334 | 10 | Détail |
| Communauté de communes de Saint-Hippolyte | 4 322 | 20 | Détail |
| Communauté de communes des Rives de l'Ognon | 4 104 | 13 | Détail |
| Communauté de communes du Pays de Rougemont | 4 017 | 25 | Détail |
| Communauté de communes du Canton d'Amancey | 3 687 | 19 | Détail |
| Communauté de communes du Vallon de Sancey | 3 260 | 17 | Détail |
| Communauté de communes du Pays de Clerval | 2 848 | 10 | Détail |
| Communauté de communes des Hauts du Doubs | 2 551 | 13 | Détail |
| Communauté de communes entre Desoubre et Barbeche | 2 202 | 14 | Détail |
| Communauté de communes de la Bussière | 1 519 | 12 | Détail |
| Communauté de communes des Premiers Sapins | 1 384 | 6 | Détail |
Communes membres d'aucun groupement
| Nom | Population 2007 |
| Pont-de-Roide | 4 781 |
| Bourguignon | 903 |
| Villars-sous-Dampjoux | 403 |
| Écot | 388 |
| Dambelin | 386 |
| Noirefontaine | 384 |
| Goux-lès-Dambelin | 232 |
| Solemont | 185 |
| Rémondans-Vaivre | 180 |
| Valonne | 179 |
| Feule | 163 |
| Neuchâtel-Urtière | 149 |